Projekttitel
Systembiologie im Osteo- und Ewingsarkom -
Regulation von der Perspektive der Expression basierend auf Array- und RNAseq Daten

Projektleitung
Priv.-Doz. Dr. rer. nat. Eberhard Korsching - korschi@uni-muenster.de
Dr. rer. nat. Kathrin Poos-Haeffs
MSc Nikhil Mallela

Ziele
Die Forschungsplattform verfolgt das Ziel, die Einzelprojekte des Transarnet und anderer seltenen Erkrankungen Forschungsverbünde in ihren Forschungsanstrengungen zu unterstützen und eigene Forschungsschwerpunkte dort zu setzen, wo ein Mehrwert für die Erforschung der seltenen Erkrankungen gesehen werden kann.
Die Schwerpunkte umfassen:
a) Theorieunterstützung, Modellbildung und Bioinformatik Methoden.
b) Integration der Netzwerkaktivitäten durch einen Kommunikationsserver.
c) Betrieb einer BMBF geförderten NGS Verbundplattform in Zusammenarbeit mit den Standorten in München, Freiburg Bonn, Essen, Hannover und Berlin.
d) Entwicklung von Algorithmen und/oder Methoden.
e) Entwicklung von Forschungsdatenbanken.

Die Arbeiten sind inzwischen in eine Reihe von Publikationen gemündet.

Die zukünftige Planung umfasst eine Erweiterung und Vervollständigung der laufenden Projekte unter Einschluss der vom BMBF geförderten Sequenziertechnologien (NGS Plattform).
Die Schwerpunkte im Bereich Ostesarkome (OS) sind: a) Korrelationsanalysen über CNV und Expression, b) Pathway-Analysen zur Formalisierung der Heterogenität des OS auf genomischer als auch transcriptomischer Ebene, c) Verbesserung der neu etablierten OS Wissensdatenbank.
Im Bereich des Ewing Sarkoms (ES) sind u.a. a) die Charakterisierung der 'Driver' Zellen im ES im Vordergrund, b) die Definition und Analyse der Spezifika der biologischen Netzwerke im Vergleich zu nicht Tumorzellen, c) Sequenzanalysen des Transcriptoms, und d) weitere Analysen der Expression von Fusion-Genen und möglicher Einflüsse auf die Tumorbiologie (Netzwerke zur Regulation) von Interesse.